En 1799, Napoléon Bonaparte prend la tête de la Grande Nation qui a mis en place des « républiques sœurs » dans son voisinage proche (Hollande, Suisse ou Italie). En 1802, selon la même logique, Bonaparte réorganise les Républiques italiennes puis, en 1803, s’impose comme protecteur de la République helvétique.
La proclamation de l’Empire se traduit par l’adaptation des autres régimes satellites. En 1805, Napoléon ceint lui-même la couronne du royaume d’Italie. L’année suivante, les Bourbons sont chassés de Naples et son trône offert à son frère Joseph. La Hollande devient un royaume confié à Louis. Les victoires militaires de 1805-1806 entraînent la disparition du Saint-Empire romain germanique. La Prusse et l’Autriche affaiblies, l’Allemagne est reconfigurée comme un glacis militaire et un nouvel espace satellisé. Le système repose de plus en plus sur la domination dynastique des Bonaparte : en 1808, Joseph s’installe à Madrid tandis qu’il est remplacé par Murat à Naples. Le traité de Tilsit signé avec la Russie en 1807, la Grande-Bretagne est désormais la seule puissance à s’opposer à la domination française.
C’est pourquoi, à partir de 1806, se développe le système continental. Le décret de Berlin (21 novembre 1806) proclame le blocus des îles Britanniques. La guerre économique doit étouffer la résistance britannique en lui fermant l’accès aux marchés continentaux. La nécessité de contrôler les côtes européennes infléchit les choix diplomatiques de Napoléon. Dès 1807, Napoléon a pris soin de faire entrer la Prusse et la Russie dans le système continental. Cet impératif le pousse également à centraliser de plus en plus les décisions et légiférer sur les ports pour tâcher d’endiguer la contrebande croissante. Cette logique va jusqu’à l’annexion pure et simple si nécessaire (Rome et les États pontificaux en 1808, Hollande et Allemagne du Nord en 1810). Soucieux du soutien des notables, Napoléon favorise les manufactures françaises. Il fait des régions satellisées de nouveaux marchés, même si on observe des dynamiques régionales : ainsi, la draperie lombarde bénéficie-t-elle de l’extension du royaume d’Italie de 3 à 7 millions d’habitants.
L’apogée de la domination napoléonienne en Europe se situe vers 1810-1811. Si la France se dilate jusqu’à 130 départements des bouches de l’Elbe aux bouches du Tibre, elle dispose surtout d’un ensemble d’États vers lesquels Napoléon souhaite transférer le modèle d’administration français, à l’instar du code Napoléon, « arche sainte pour laquelle nous donnerons aux peuples voisins l’exemple d’un respect religieux » (Bigot de Préameneu).
Des fonctionnaires sont mobilisés pour mener à bien cette tâche : De Gérando en Toscane ou à Rome, Mouchard de Chaban en Belgique ou en Allemagne du Nord… Ces élites administratives françaises sont habitées par l’idée qu’elles jouent un rôle civilisateur, à l’instar d’un Beugnot en Westphalie. Des membres des élites locales plaident également pour la modernisation de leur pays par l’adoption du système français (Melzi dans le royaume d’Italie ou de Schimmelpenninck en Hollande). Pourtant, la réalité entraîne une nécessaire adaptation aux conditions locales. Ainsi, Murat n’applique jamais la Constitution initialement envisagée et compose avec les élites terriennes. Finalement, comme le fait remarquer Mickael Broers, coexistent un empire « central » (inner) et un autre plus « périphérique » (outer). L’Europe napoléonienne est une mosaïque de transferts plus ou moins intenses, de pacification et d’acceptation plus ou moins forte des institutions publiques et des mœurs françaises. À une acculturation assez poussée dans l’ouest de l’espace germanique ou du nord de la péninsule Italienne s’opposent les résistances de l’Europe méridionale. Le modèle louis-quatorzien pèse sur cet impérialisme que Napoléon imagine pouvoir pérenniser par la fusion entre les Napoléonides et les têtes couronnées européennes, à l’instar du mariage avec Marie-Louise en 1809.
Cette domination va pourtant s’effondrer très rapidement. À partir de 1808, la dégradation des rapports avec le pape est un facteur de mobilisation contre le régime. La faible résilience du Grand Empire repose plus fondamentalement sur d’autres mécanismes.
Ainsi la sortie de la Russie du système continental précipite-t-elle la rupture avec Napoléon. Malgré une Grande Armée de plus de 500 000 hommes, dont des contingents des alliés autrichiens et prussiens, Napoléon est vaincu en 1812. Avec le renversement de la conjoncture économique, l’impact du système continental sur les ports européens est partout de moins en moins acceptable. Le renforcement des contrôles douaniers accroît les mécontentements populaires, tandis que l’asphyxie économique de certaines régions pousse les notables à l’hostilité envers la France. Or, en France comme dans le reste de l’Europe napoléonienne, le système de domination repose sur leur adhésion au projet français, leur collaboration. Dans la péninsule Ibérique, les élites ont précocement basculé dans l’opposition à la France, rendant possibles le débarquement et les opérations militaires britanniques. À Naples, la montée en puissance du « parti italien » dans l’entourage de Murat aux dépens du « parti français » traduit la réticence à l’assimilation totale au modèle français et à la satellisation.
Après 1812, l’impossibilité de tenir le continent par la seule force des armes apparaît impossible. Malgré un nouveau durcissement de la conscription, les armées françaises sont en difficulté. Hormis la Catalogne, l’Espagne est entièrement perdue dès la défaite de Vitoria (21 juin 1813). En Allemagne, malgré la campagne du printemps, la défaite de Leipzig traduit la capacité des Alliés à battre désormais Napoléon sur un champ de bataille. Le système de soumission et d’alliance sur lequel tient le Grand Empire se fissure : entrée (officielle) de l’Autriche dans la coalition anti-française en août 1813, double jeu de Murat à Naples dès l’automne, manque de résilience de la Confédération du Rhin incarnée par le renversement d’alliance de la Bavière, perte de la Suisse en décembre… Contrairement à l’image mythifiée des « guerres de libération » de l’Allemagne, la chute de Napoléon à l’issue de la campagne de France répond en large partie à l’incapacité de Napoléon à accepter un partage de puissance en Europe (échec du congrès de Prague à l’été 1813).
Lors des Cent-Jours, il essaie d’expliquer qu’il a agi de façon réfléchie pour « organiser un grand système fédératif européen, que nous avions adopté comme conforme à l'esprit du siècle, et favorable aux progrès de la civilisation ». Encore à Sainte-Hélène, Napoléon affirmera avoir voulu faire des Européens « un seul et même corps de nation ». Sans discuter de la véracité de cette assertion, cette « nation » était française plus qu’européenne.
