À partir du Moyen Âge, les Pays-Bas deviennent un pays pivot dans le commerce maritime européen, en raison d’une situation géographique idéale entre, au nord, la Scandinavie et la Baltique (bois et grains) et, au sud, le Portugal et les ports méditerranéens (vin et sel). De plus, les Hollandais développent un système de canaux s’appuyant sur des fleuves importants traversant le pays, comme le Rhin et la Meuse notamment. Enfin, chaque ville et village disposant d’un accès à une rivière ou au littoral, possède un port, même de faible importance, pour satisfaire sa flotte de pêche de poissons d’eau douce ou de mer.

La splendeur d’Amsterdam (XVII^e-XVIII^e siècle)

Jusqu’à la fin du règne de Charles Quint en 1555, quand les 17 provinces du Sud et du Nord sont encore réunies sous un seul gouvernement, Anvers est de loin le plus important port des Pays-Bas. Cependant, après la révolte de la Hollande contre Philippe II d’Espagne, le successeur de Charles Quint, et la conquête consécutive d’Anvers par les troupes espagnoles en 1585, plus de la moitié des 100 000 habitants de la ville, dont la communauté marchande, s’enfuit vers le nord. Le commerce maritime des ports de Hollande et de Zélande bénéficie d’une impulsion importante à la fois grâce au blocus d’Anvers et à l’arrivée de cette communauté riche qui s’appuie sur un réseau de marchands étendu. Au cours des xvii^e et xviii^e siècles, environ 15 % de la population masculine de ces deux provinces travaillent dans le secteur maritime, que ce soit dans les ports, le commerce au long cours, la navigation intérieure ou la marine de guerre.

La ville qui profite le plus de l’immigration anversoise est Amsterdam. Elle devient une importante plaque tournante pour le commerce avec la Baltique, l’Allemagne du Nord, le Portugal et l’Espagne, l’Italie et le Levant. En outre, Amsterdam connaît un afflux de juifs sépharades depuis le Portugal, qui lui font bénéficier de leurs réseaux commerciaux des comptoirs asiatiques portugais, d’Afrique de l’Ouest, des îles de l’Atlantique et du Brésil. Avec le temps, les marchands d’Amsterdam s’associent aux entreprises commerciales des sépharades hors d’Europe. En 1602, les communautés marchandes de plusieurs cités néerlandaises fondent, sous la houlette d’Amsterdam, la Compagnie des Indes orientales hollandaise (Verenigde Oost-Indische Compagnie ou VOC), première entreprise maritime et commerciale financée par actions. Au xviii^e siècle, la VOC devient la plus importante compagnie du monde imposant un monopole commercial de la Hollande à l’Asie. À son apogée, elle emploie plus de 40 000 personnes et envoie environ 60 navires par an en Asie. La compagnie est composée de six « chambres » – toutes établies dans des villes portuaires – dont celle d’Amsterdam qui est de loin la plus importante dans la mesure où elle apporte à peu près la moitié du capital. En 1621, une compagnie organisée sur le même principe, la Compagnie des Indes occidentales (West-Indische Compagnie ou WIC) reçoit le monopole du commerce dans l’Atlantique. Cependant, ce monopole est beaucoup plus difficile à maintenir que celui de l’East India Company car les bateaux naviguant vers l’Europe du Sud peuvent facilement prolonger leur voyage en Afrique occidentale ou vers les Caraïbes sans être inquiétés, le nombre de navires de guerre WIC faisant respecter le monopole étant limité.  En moyenne, le commerce avec l’Afrique de l’Ouest et les colonies antillaises mobilise de 200 à 300 navires par an, dont la moitié au moins sont armés à Amsterdam.

Les grands navires de la VOC, qui jaugent en moyenne 200 tonneaux, sont dans l’incapacité d’entrer dans la rade d’Amsterdam en raison de la présence de hauts fonds aux approches du port, notamment au niveau de l’île de Pampus. Il est cependant possible de remédier au problème du tirant d’eau des grands vaisseaux en utilisant des caissons d’entraînement latéraux appelés « chameaux », mais en général les voiliers mettent l’ancre sur les côtes des îles du Texel, Terschelling et Vlieland. Le transport des équipages et des cargaisons depuis Amsterdam vers ces îles s’effectuent à bord de petites embarcations.

Difficultés d’Amsterdam et essor de Rotterdam (XIX^e-XX^e siècle)

Vers la fin du xviii^e siècle, l’économie de la République des Provinces-Unies stagne et par conséquent celle des ports également. Le commerce maritime est quasiment à l’arrêt pendant la majeure partie de l’occupation française (1795-1813), notamment lorsque le blocus continental est renforcé en 1810 et que la Hollande fait partie de l’empire français. Après la défaite de Napoléon en 1813, l’énergique Guillaume I^er de Nassau devient roi de Hollande et lance une politique pour améliorer l’accès du port d’Amsterdam en faisant construire un long canal de 80 kilomètres depuis Le Helder jusqu’à Amsterdam (Noord-Hollands kanaal). Cependant, le canal montre vite ses limites en raison de la longueur du trajet à effectuer et de l’augmentation de la taille et du tirant d’eau des navires. Une solution plus radicale s’impose : relier directement Amsterdam à la mer du Nord par une route plus courte vers l’ouest. Ouvert à la circulation en 1876, le nouveau canal de la mer du Nord (Noordzeekanaal) est nettement moins long que le précédent, puisqu’il s’étire sur seulement 30 kilomètres. Toutefois, la différence de niveau entre la mer et le canal suppose de construire une série d’écluses à l’entrée du canal d’Ijmuiden pour accéder au port d’Amsterdam, impliquant des goulets d’étranglement.

Tous ces différents obstacles posés aux navires marchands au long cours expliquent l’essor du port de Rotterdam, notamment après 1872, lorsque la ville est directement reliée à la mer par le nouveau Nieuwe Waterweg. Aucune écluse ou autre type d’obstacle pour entrer dans le port ou le quitter, à quoi s’ajoute le fait que le port est idéalement situé pour le transbordement des cargaisons depuis les navires sur les barges qui vont et viennent sur le Rhin. C’est l’industrialisation allemande qui entraîne le recul d’Amsterdam de la première à la deuxième place des grands ports hollandais. Avant 1800, Rotterdam n’est qu’une ville portuaire de taille modeste, comme l’indique le nombre de ses habitants : 20 000 personnes vers 1600, 50 000 vers 1800, contre respectivement 100 000 puis 200 000 habitants pour Amsterdam. Les marchands de Rotterdam n’ont d’ailleurs pas montré beaucoup d’enthousiasme pour participer au commerce des Indes orientales et occidentales. Ils préfèrent davantage faire affaire avec l’Angleterre et la France.

Après 1870, Rotterdam dépasse Amsterdam en raison de l’essor très rapide du commerce avec le nouveau bassin industriel allemand de la Ruhr. Mais la croissance des ports de Rotterdam et Amsterdam est interrompue par le déclin de la navigation pendant la Première Guerre mondiale. Le port de Rotterdam met longtemps à se remettre, l'économie allemande étant restée fragile après 1918. Après un rétablissement pendant les années 1920, tant Amsterdam que Rotterdam sont lourdement affectées par la crise économique qui débute en 1929. Rotterdam est à nouveau très touchée : entre 1929 et 1932, elle subit une baisse de ses activités de 30 %. Le rétablissement des années 1930 est une nouvelle fois interrompu en 1940 quand les ports de Rotterdam et Amsterdam cessent de fonctionner pendant l'occupation allemande. Après la période d’occupation allemande entre 1940 et 1945, au cours de laquelle le centre de la ville est détruit par les bombardements de la Luftwaffe, Rotterdam s’affirme comme le plus grand port européen, manipulant notamment 35 % du trafic conteneurs des huit ports depuis Le Havre jusqu’à Hambourg en l’an 2000. Amsterdam, de son côté, ne représente que 5 % de ce commerce. Pendant plus de quarante ans, de 1962 à 2003, Rotterdam s’impose comme le premier port mondial, désormais dépassé par Shanghai et Singapour.

Les deux ports d’Amsterdam et de Rotterdam sont gérés par des autorités portuaires indépendantes. Celle de Rotterdam a deux composantes, la ville et le gouvernement, tandis que celle d’Amsterdam est la propriété unique de la ville. Dans la ville de Rotterdam, les activités maritimes sont difficilement visibles dans la mesure où les nouveaux équipements portuaires, contraints de s’adapter à des navires jaugeant 500 000 tonneaux, sont situés sur des terrains gagnés sur la mer à plus de 40 kilomètres du centre de Rotterdam. En 2004, émerge un ambitieux projet visant à accroître la zone portuaire de 60 kilomètres carrés, dans le but de recevoir 4 millions supplémentaires de conteneurs par an, en plus des 10 millions qui sont alors manipulés. Exprimé en tonnage, le volume du commerce du port de Rotterdam est passé de 300 millions de tonnes en 1990 à 430 millions en 2011. Le nombre de navires escalant à Rotterdam a diminué en même temps que leur taille a continué de progresser : le port a reçu 36 415 navires en 2008 et 32 057 en 2012.